1950年7月改由華東文化部領(lǐng)導(dǎo)，屬華東大區(qū)博物館，包括東南地區(qū)五省一市（江蘇、安徽、浙江、福建、臺(tái)灣、上海），還建立華東文物工作隊(duì)，隊(duì)部設(shè)在南京博物院，這期間發(fā)掘了山東沂南漢畫(huà)像墓、安徽壽縣春秋時(shí)代蔡侯墓、浙江杭州老和山新石器時(shí)代遺址、福建閩侯曇石山新石器時(shí)代遺址，還奉命派人到鄭州協(xié)助發(fā)掘商代遺址。
    1954年9月華東大區(qū)撤消后，南京博物院改由江蘇省政府文化局領(lǐng)導(dǎo)，屬全國(guó)綜合性歷史藝術(shù)博物館，是全國(guó)重點(diǎn)博物館之一。 

    藏品中較珍貴的有：吳縣草鞋山和武進(jìn)縣寺墩等新石器時(shí)代良渚文化遺址出土的一批玉琮、玉璧；丹徒春秋墓出土的尸祭缶，器蓋銘文記載著吳國(guó)三代四王的名字；盱眙南窯莊發(fā)現(xiàn)的陳璋壺，為戰(zhàn)國(guó)時(shí)代齊國(guó)獲自燕國(guó)的王室用器，全器由器身和外套合成，外套稍殘，飾96條卷曲起伏的長(zhǎng)龍和576枚梅花釘，橫箍上飾錯(cuò)金流云紋，壺口沿和圈足外刻有表示其容量等的銘文。同出的金獸，出土?xí)r蓋于銅壺之上，長(zhǎng)17.8 厘米，通高 10.2厘米，重9000克；南京郊區(qū)出土的南朝模制磚畫(huà)《竹林七賢》。在3萬(wàn)多件宋、元、明、清書(shū)畫(huà)中，以明、清兩代的藏品見(jiàn)長(zhǎng)，畫(huà)派較全，佳作較多。精品包括宋朱熹與某侍郎書(shū)札卷、元黃公望《富春大嶺圖軸》、元吳鎮(zhèn)《松泉圖卷》、 明徐渭《雜花圖》卷、明文征明《中庭步月圖軸》以及清龔賢的《水墨溪山煙樹(shù)圖軸》等。另有代表11個(gè)民族的民族文物2233件。還有相當(dāng)數(shù)量的明清碑刻資料和近現(xiàn)代珍貴歷史文獻(xiàn)，如僅抗日戰(zhàn)爭(zhēng)和解放戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期江蘇地區(qū)的革命文物資料等就有 1.7萬(wàn)多件。
      該院有9個(gè)陳列廳，面積3712平方米。其中7個(gè)廳設(shè)有基本陳列“江蘇歷史陳列”，展示了江蘇地區(qū)從原始社會(huì)到近代的數(shù)千年歷史發(fā)展的歷程，著重反映了江蘇地方歷史的文化特色。另兩個(gè)廳每年舉辦10個(gè)以上重要文物、繪畫(huà)和工藝品展覽。該院還舉辦流動(dòng)展覽，如深入工廠、農(nóng)村進(jìn)行宣傳，配合國(guó)際文化交流活動(dòng)，到日本等國(guó)舉辦“南京博物院藝術(shù)展”等。此外，該院還舉辦了近代史專題講座，到大中學(xué)校、工廠講課，通過(guò)電臺(tái)、電視臺(tái)和報(bào)紙進(jìn)行歷史、文物、繪畫(huà)藝術(shù)等知識(shí)的普及工作。也聘請(qǐng)?jiān)簝?nèi)外專家、學(xué)者講授各種專題歷史知識(shí)。 

     該院編輯出版的大型專著、圖冊(cè)有：《南唐二陵》、《沂南漢畫(huà)像石墓發(fā)掘報(bào)告》、《中國(guó)博物館》大型叢書(shū)《南京博物院》、《南京博物院藏畫(huà)》、《南京博物院藏畫(huà)選集》，以及《江蘇明清碑刻資料選編》、《江蘇彩陶》、《元朝藝術(shù)》等數(shù)十種。定期出版的刊物有《南京博物院》(年刊)。該院還是江蘇省考古學(xué)會(huì)、江蘇省博物館學(xué)會(huì)、 江蘇省民俗學(xué)會(huì)的常設(shè)機(jī)構(gòu)所在地，與3個(gè)學(xué)會(huì)聯(lián)合出版學(xué)術(shù)刊物《東南文化》。