館址位于市中心的朝天宮，這是江南最大的古建筑群，是江蘇省重點(diǎn)文物保護(hù)單位之一。

　　南京市博物館有一支專業(yè)考古隊(duì)伍，負(fù)責(zé)南京地區(qū)的地下墓葬和遺址的考古發(fā)掘和調(diào)查工作。大量的田野考古收獲，為研究南京地區(qū)的歷史文化軌跡提供了豐富的資料。湯山南京直立人化石地點(diǎn)的考古發(fā)掘，出土了距今35萬(wàn)年的南京猿人頭骨化石和一大批動(dòng)物化石，這是在南京地區(qū)發(fā)現(xiàn)的最早的人類遺跡。該項(xiàng)考古被評(píng)為1994年全國(guó)十大考古發(fā)現(xiàn)，"九五"期間全國(guó)十大考古發(fā)現(xiàn)�！赌暇┤嘶�石地點(diǎn)》考古報(bào)告被評(píng)為"第二屆夏鼐考古學(xué)成果獎(jiǎng)"二等獎(jiǎng)，"江蘇省第二屆文博學(xué)術(shù)論著獎(jiǎng)"特別獎(jiǎng)。南京象山等地一批六朝家族墓地的考古發(fā)掘，獲得了六朝家族，特別是王氏、謝氏、李氏、高氏家族的墓葬規(guī)制與習(xí)俗的珍貴資料，被評(píng)為1998年全國(guó)十大考古發(fā)現(xiàn)。高淳薛城遺址的發(fā)掘，出土了大批的新石器時(shí)代文物，其中彩陶、玉器極為珍貴，是繼南京北陰陽(yáng)營(yíng)遺址發(fā)現(xiàn)后，南京又一處新石器時(shí)代聚落遺址，被評(píng)為1997年全國(guó)十大考古發(fā)現(xiàn)提名獎(jiǎng)。此外南京市博物館的考古集中在南京地區(qū)的史前考古、六朝考古、明代考古等方面，收獲豐碩。湯泉牛頭崗古文化遺址的考古發(fā)掘、六朝建康城遺跡考古、六朝帝王陵寢考古調(diào)查、明故宮遺址考古調(diào)查、明代龍江船廠遺址考古調(diào)查，都是考古研究工作的重要課題。

　　南京市博物館有十萬(wàn)件文物收藏，上溯遠(yuǎn)古，下迄民國(guó)，藏品內(nèi)涵豐富，具有很高的歷史、藝術(shù)和科學(xué)價(jià)值，是南京歷史的見(jiàn)證。保管部承擔(dān)了國(guó)家文物的收藏保管工作，并對(duì)藏品進(jìn)行研究。在館藏文物中，南京人頭骨化石、青釉羽人紋盤(pán)口壺、青瓷蓮花尊、王、謝家族墓志、青花蕭何追韓信梅瓶、鑲金托云龍紋玉帶、漁翁嬉荷琥珀杯等一批文物蜚聲中外，是個(gè)歷史時(shí)期的文物精粹的典型代表。在藏品研究方面，已出版了《六朝風(fēng)采》、《金與玉》、《南京市博物館藏印選》、《明代官服首飾》等，藏品介紹在《南京文物精華》、《南京文化志》、《南京文物志》、《江蘇省文物志》等書(shū)中都有一定的篇幅。豐富的館藏是博物館業(yè)務(wù)工作的基礎(chǔ)。

　　陳列展覽是博物館的重要窗口，近年來(lái)，南京市博物館定位于展示古都南京歷史文化上，根據(jù)館藏文物的特點(diǎn)，結(jié)合歷史文獻(xiàn)，舉辦了《六朝風(fēng)采》、《明都南京》兩個(gè)展示南京古都?xì)v史文化的基本陳列，其中《六朝風(fēng)采》被評(píng)為"全國(guó)首屆十大精品陳列"。為更好的合理利用文物，發(fā)揮館藏文物的優(yōu)勢(shì)，還舉辦了《民國(guó)文物》、《六朝墓志》、《古硯》、《古玩》等專題性展覽，給觀更多的集中觀賞的機(jī)會(huì)。此外，引進(jìn)國(guó)外的文物藝術(shù)品展覽，展示異域優(yōu)秀文化，舉辦了《意大利貝利尼博物館藏文藝復(fù)興時(shí)期作品展》、《公元15-16世紀(jì)佛羅倫薩貴族服飾展》。館藏文物多次遠(yuǎn)涉重洋，在美國(guó)、德國(guó)、英國(guó)、日本、韓國(guó)、新加坡等國(guó)展出，引起各地觀眾的極大興趣。

　　宣傳教育工作具有特色，有一支用中、英兩種語(yǔ)言的講解員隊(duì)伍，在國(guó)家、省市講解員比賽中多次獲獎(jiǎng)。有一套中、英、日文語(yǔ)音講解系統(tǒng)，可以滿足國(guó)內(nèi)外觀眾的講解需要。還有一支大學(xué)生義務(wù)講解員隊(duì)伍，在節(jié)假日做好參觀引導(dǎo)及講解服務(wù)。與60多所學(xué)校共建了教育基地、實(shí)習(xí)基地，廣泛開(kāi)展社會(huì)活動(dòng)，每年的夏令營(yíng)更是吸引了很多學(xué)生參加。

　　朝天宮古玩是南京市博物館管理的民間收藏品交易市場(chǎng)，開(kāi)辦以來(lái)受到中外古玩收藏者的青睞，規(guī)模和影響越來(lái)越大，已成為以南京為核心的南北民間收藏品交易集散地，為國(guó)內(nèi)十大民間收藏品交易市場(chǎng)之一。每到節(jié)假日人頭攢動(dòng)，場(chǎng)面火爆。市場(chǎng)監(jiān)管部在朝天宮古玩的管理上不斷加大力度，嚴(yán)格執(zhí)行政策，規(guī)范市場(chǎng)，合法交易，策劃活動(dòng)，辦出了特色。

　　保衛(wèi)科但負(fù)責(zé)朝天宮古建筑群和博物館的安全保衛(wèi)工作，按照國(guó)家一級(jí)風(fēng)險(xiǎn)防范的標(biāo)準(zhǔn)做好工作，確保文物和館舍安全。

　　辦公室是全館的中心樞紐，擔(dān)負(fù)著全館工作協(xié)調(diào)、往來(lái)接待、后勤保障、人事財(cái)務(wù)文檔管理、基建、綠化、經(jīng)營(yíng)等工作。

　　華夏文化交流中心，擔(dān)負(fù)著中外書(shū)畫(huà)藝術(shù)界人士的藝術(shù)交流工作，以書(shū)畫(huà)為友，切磋技藝，傳承優(yōu)秀傳統(tǒng)書(shū)畫(huà)藝術(shù)。

　　利用朝天宮古建筑群特有的古文化氛圍，讓人們理解讀南京城市歷史發(fā)展的進(jìn)程，領(lǐng)略南京古都文化的精髓，欣賞南京歷史文明的寶藏，是南京市博物館多年努力的結(jié)果，朝天宮這顆被譽(yù)為金陵歷史文化的明珠在現(xiàn)代都市中閃爍著璀璨的光輝，吸引著海內(nèi)外無(wú)數(shù)的尋訪者。