國清寺的歷史與如東掘港的成陸幾乎相等。唐朝初年，一道捍海圍堤把掘港與海灘分開，國清寺便帶著人們對太平盛世的期盼應運而建。掘港國清寺是在唐朝宗憲年代建起來的，來建的和尚名叫行滿，是天臺山國清寺的第十年祖師，所以掘港的國清寺和天臺山的國清寺是一個名字，原來的結構方式也是一個模式.行滿法師在建筑佛寺時，曾有"寺若成，國即清"之說，然而，這座在歷史長河中跌宕起伏千年的古剎，并沒有象行滿法師所期望的清凈太平。

    從唐到宋元，國清寺飽受戰(zhàn)火之亂，至明清雖然多次重修，但仍在上世紀六十年代被夷為平地。現在的國清寺是從1991年由如東縣、南通市兩級政府批準，準予落實宗教政策開始籌建，到現在己有15年了。

     國清大殿內供奉的是三世佛：釋家牟尼居中，右尊為西方極樂世界的阿彌陀佛，左尊為東方琉璃世界的琉璃光佛。藥師佛救死扶傷，阿彌陀佛接引眾生，與其它寺院中釋家牟尼兩側侍者是阿難和迦葉有所不同。國清寺最珍貴的當屬念佛堂供奉的白玉千手觀音。這尊緬甸國贈送的玉觀音由一塊整體的緬甸玉石雕刻而成，玉質細膩，高三點八米，重四噸。這樣造型的玉觀音在全國也是罕見的。睡下來的釋家牟尼佛、臥佛那種玉佛很多，象國清寺這種千手觀音玉佛，是唯獨少見的，可以說在全國國清寺是第一尊。

    
     古寺還是中日友好的見證。唐開成年間，日本高僧圓仁隨第13批遣唐使西渡求法，來到掘港國清寺，住宿寺內半月有余。圓仁后來所寫的《入唐求法巡禮行記》中，對掘港國清寺有詳細記述。在世界旅游文化寶庫里，圓仁的《入唐求法巡禮行記》，與我國唐玄奘的《大唐西域記》、意大利旅行家馬可.波羅的《東方見聞錄》被列為"世界三大旅行游記"�！缎杏洝返拿媸朗�"掘港"、如東"國清寺"在歷史典籍中首次亮相，也成為中日文化交流的一段佳話。      
     近年來，國清寺還接待了不少國外游客，其中包括一些來南通投資興業(yè)的客商。這幾年來香火都比較旺盛，各方游客絡繹不絕，其中包括接待美國、日本、香港、臺灣等國家和地區(qū)的游客。