它始建于明朝洪武年間，迄今有600多年的歷史。據(jù)史料記載，它是由明朝回族大將、西平侯沐英，奏請明太祖朱元璋恩準(zhǔn)而修建，后來幾經(jīng)擴建，規(guī)模愈大。清同治年間，左宗棠率兵鎮(zhèn)壓西北回族反清斗爭時，東關(guān)大寺及所藏的石碑等文物毀于兵燹。1913年在舊址重建，1919年秋竣工。1926年、1946年兩次大規(guī)模的維修和擴建，特別是1999年大規(guī)模擴建，形成今日之宏大規(guī)模，其形象更為壯觀。

      東關(guān)清真大寺是我國西部地區(qū)四大清真寺之一，至今已有六百多年的歷史。寺院占地面積1.194萬平方米，殿內(nèi)和整個大寺處處都顯得古樸雅致，莊嚴(yán)肅穆， 富有濃郁的伊斯蘭特色。清真大寺建筑氣勢雄偉，金碧輝煌，集中體現(xiàn)了回族建筑藝術(shù)風(fēng)格。正中的禮拜大殿是全寺最大建筑物，外形呈鳳凰單展翅，磚木結(jié)構(gòu)，具有我國古代宮殿建筑風(fēng)格，大殿本體占地面積1102平方米，，南北樓各363平方米。該寺建造雄奇，與我國古代宮殿具有相同的風(fēng)格和氣魄，亦是雕梁彩檐、金碧輝煌，大殿內(nèi)寬敞、高大、明亮，清凈素雅，可以同時容納3000人作禮拜，殿頂脊裝有藏式鎏金寶瓶，為甘肅拉卜楞寺喇嘛所捐，為國內(nèi)清真寺所僅見，大殿內(nèi)的18根大柱為佑寧寺所贈。每當(dāng)伊斯蘭重大節(jié)日時，數(shù)以萬計的穆斯林教徒聚集這里，舉行隆重肅穆的宗教活動。

       東關(guān)清真大寺，不僅是廣大穆斯林群眾宗教活動場所，而且是伊斯蘭經(jīng)學(xué)研究的最高學(xué)府。民國以來，伊斯蘭教伊赫瓦尼教派的創(chuàng)始人及其繼承人，將該寺作為海乙寺(即中心寺)，培養(yǎng)造就了一大批伊斯蘭教學(xué)者。甘青近千座清真寺的開學(xué)阿訇，由該寺選派或認(rèn)可，因而在海內(nèi)外享有聲譽。