瞿曇寺殿是瞿曇寺主體建筑之一。建于明洪武二十五年（1392年），俗稱“前殿”。

     是一座重檐歇山式建筑，內檐門額上懸有敕賜金書“瞿曇寺”三字的橫匾一方，下款有“大明洪武二十六年立”字樣。瞿曇寺殿雖經補修，但完好地保留了原來的建筑風格和規(guī)模。殿內塑有三大古佛，8尊菩薩像，還有清光緒十二年（1886年）施的銅燈一盞，殿門外有明永樂年間（1403—1424）施的烏金大煨爐一個。有“獨尊”匾一塊，書法渾厚莊重，遒勁有力。殿內兩側和內夾墻墻壁上繪滿各式精美的壁畫，是明代壁畫精品。

      隆國殿，俗稱大殿，和瞿曇寺殿、寶光殿在同一條中軸線上，是全寺最高大壯麗的建筑，面積約900平方米，重檐廡殿頂，四面設明廊，屹立在寬大的須彌座臺基上，前面伸出月臺一方，月臺左右各設踏垛九級，四面以紅砂石欄桿圍繞。大小鐘鼓樓分別在隆國殿前左右兩側，東西對峙，上設隔扇檻窗，平臺外加護欄，可供游人憑欄遠眺，欣賞寺內外風光。 壁畫廊的巨幅彩色壁畫，即所謂“七十二間走水廳”，面積約400平方米，堪稱為該寺藝術之最。壁畫所繪，多為佛教傳說故事�！斑独�天眾迎佛升天宮圖”、“善明菩薩在無憂樹下降生”、“凈飯王新城七寶衣履太子體”、“龍王迎佛入龍宮圖”、“六宮娛女霧太子歸宮圖”等等。構思巧妙，馳騁想象，貫通三界，縱橫太空。技法之純熟，形象之生動，達到很高的境界，雖歷經五百余年，色彩依然鮮艷奪目。德國、加拿大、澳大利亞等國外賓曾來參觀，其中有人贊嘆說：“畫技精煉，構思奇特，真是畫中瑰寶，不可多得”。