彌陀寺始建于唐代，是蓬萊閣景區(qū)內(nèi)唯一的佛教寺廟。據(jù)考證，這里曾是香火極盛的佛教傳播基地。時至唐武宗帝，為遏止佛教高速發(fā)展造成建寺廟而占耕地過多，人丁脫俗從佛數(shù)量激增等不良趨勢，發(fā)動了禁佛運動。（佛教歷史上共發(fā)生過四次法難，即滅佛。唐武宗的法難稱“會昌法難”，時間不長，因為武宗在位一共才六年。）他勒令在全國范圍內(nèi)拆毀佛教大寺近5000座，拆除小寺40000多座，還俗佛教徒26萬多人，如此等等。使佛教受到嚴重打擊。地處極邊的彌陀寺也不能幸免，雖未遭拆除之災，也一度僧尼還俗，門庭冷落。

　　明萬歷十一年（1583年），佛教名僧憨山德清（明末四大禪僧之一）來山東嶗山傳教，含辛茹苦十二年，終于實現(xiàn)了他佛、釋、道三教合一、各宗并進、禪凈雙修思想。由于當時代表了佛教革新的先進思想，在嶗山以至于膠東地區(qū)的佛教界，影響頗深，他的弟子遍布各地。此間，蓬萊閣內(nèi)的彌陀寺香火復盛，漸漸擴建成今天的規(guī)模。

　　 彌陀，是號稱西方三圣之一阿彌陀佛的簡稱（西方三圣指的是阿彌陀佛，觀世音、大勢至）。彌陀寺，是為祭祀紀念阿彌陀佛的寺廟。