武夷山自然博物館位于武夷山自然保護區(qū)三港，1987年由國家林業(yè)部和福建省林業(yè)廳共同投資興建，建筑面積1673平方米。1990年2月，開始館內(nèi)的展出設(shè)計和施工，同年12月18日正式開館展出，陳列展出面積1300平方米。 
　　武夷山自然博物館以"濃縮、再現(xiàn)武夷山自然保護區(qū)的自然面貌"為目標(biāo)，以"森林生態(tài)系統(tǒng)"為軸線，采用衛(wèi)星圖象、浮雕、立體全景畫等表現(xiàn)手法，分3個展廳展出。第一廳為自然環(huán)境廳，采用衛(wèi)星圖象、浮雕、彩色燈光照片、實物標(biāo)本等與圖表相結(jié)合，展示了武夷山保護區(qū)的歷史演變和地質(zhì)、地貌、水文、氣象、植被等概況。第二廳為生態(tài)景觀廳，采用全景畫和立體表現(xiàn)手法，濃縮再現(xiàn)了武夷山保護區(qū)典型的中亞熱帶森林生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)景觀，選擇植物垂直帶譜明顯的武夷第一峰---黃崗山為模本，配以鳥聲和蟲鳴、蟬聲等，表現(xiàn)武夷山保護區(qū)春、夏、秋、冬的不同景致，使人達到"身臨其境"的感覺。第三廳為物種寶庫廳，本廳打破以往動植物標(biāo)本陳列的老套，配之以抽象的架板，突出動植物標(biāo)本的數(shù)量、質(zhì)量和姿態(tài)，以高質(zhì)量的琥珀標(biāo)本展示。 
　　1994年7月，在保護區(qū)15周年區(qū)慶期間，又增設(shè)了一個成果廳，展示了武夷山保護區(qū)成立15年來所取得的成就。1998年12月，申報"世遺"整治工作期間，又增設(shè)植物廳。植物廳展示了武夷山保護區(qū)的珍稀植物種類。 
　　武夷山自然博物館是武夷山自然保護區(qū)的重要窗口，1994年5月，被南平市政府定為愛國主義教育基地。1990年12月18日開館至2000年12月31日，武夷山自然博物館共接待游客159048人次，其中副部級以上領(lǐng)導(dǎo)62人次。喬石、宋平、姜春云、丁關(guān)根、曾慶紅、楊成武等領(lǐng)導(dǎo)還為武夷山自然博物館題詞留念。