寺座北朝南，西院為吳王宮遺跡。據(jù)《吳越春秋》和《越絕書(shū)》記載，越國(guó)美女西施來(lái)吳國(guó)后，深得吳王夫差寵愛(ài)，夫差在風(fēng)景秀麗的靈巖山，為西施修建了富麗堂皇的“館娃宮”。相傳現(xiàn)靈巖寺大殿即館娃宮遺址。宮內(nèi)有一條別致的長(zhǎng)廊，鑿空朗下巖石，放一排陶甏，上鋪有彈性的楩梓木板。西施與宮女們漫舞其上，發(fā)出木琴般的樂(lè)音，因名“響屟廊”。靈巖塔西面，至今尚有“響屟”遺名。元時(shí)農(nóng)民起義軍中有張士誠(chéng)，在蘇州建大周政權(quán)后，俗重溫夫差舊夢(mèng)，曾重建響屟廊。

靈巖山頂花園，原是吳宮中的御花園。園中有月池、日池兩口大井，西施常對(duì)井梳妝，以水為鏡。據(jù)地方志記載，明朝一農(nóng)夫在淘井時(shí)，曾發(fā)現(xiàn)一農(nóng)夫在淘井時(shí)，曾發(fā)現(xiàn)上鐫“敕”字金釵一支，傳為西施遺物。

靈巖山寺主要建筑有大雄寶殿、天王殿、念佛堂、藏經(jīng)樓、鐘樓、千佛殿、香光廳、香嚴(yán)廳等，靈巖山寺東院為塔院，有靈巖塔，原名“多寶佛塔”。塔建后多次興廢，其中南宋紹興十七年（1147年）曾將該塔重建，明天啟年間遭雷火毀其所有木構(gòu)部分，成了一座磚壁套筒，從此人們即稱(chēng)塔為“空心塔”。

塔為八角七層，磚身木檐樓閣式，原底層繞有外廊，現(xiàn)僅存柱礎(chǔ)和臺(tái)座。塔身四面開(kāi)壺門(mén)，其它四面設(shè)佛龕，佛像已多數(shù)失落。門(mén)位上下各層相閃，壁面設(shè)柱枋、斗拱，繞有腰檐架平座，現(xiàn)只能見(jiàn)其帶焦跡的部分殘?bào)w木骨，塔頂早廢。塔內(nèi)原為八邊形，內(nèi)室經(jīng)后期改為圓形，昂首可直觀塔頂。1977年對(duì)塔進(jìn)行了一次大修，并將民國(guó)時(shí)籌劃修塔而備用的石佛，填補(bǔ)進(jìn)各空缺的佛龕內(nèi)。在塔內(nèi)四層壁體內(nèi)發(fā)現(xiàn)八面藏有函的暗室，其內(nèi)物件已腐朽難認(rèn)。在清乾隆十五年（1750年）修塔記載中，曾提及將明萬(wàn)歷時(shí)所藏之函按原樣藏于四層暗室內(nèi)，還記載重建年代，由此證實(shí)該塔確是南宋遺構(gòu)。

靈巖寺以靈巖奇石得名，舊有“十八奇石”之說(shuō)：靈芝石、石馬、石鼓、石龜、石躲堋、披云臺(tái)、醉僧石、望月臺(tái)、牛眠石、槎頭石、佛日巖、石幢、石城、獻(xiàn)花巖、袈裟石、貓兒石、出洞龍、升羅石，至今仍能歷數(shù)種種。

靈巖山上有許多古墓。其中最著名是宋朝名將韓世忠之墓。岳飛被害后，韓世忠斥秦檜：“‘莫須有’三字何以服天下？”因此被革去兵權(quán)。南宋紹興二十一年（1151年），韓世忠逝世杭州寓所，時(shí)年63歲。十多年后，宋孝宗追封對(duì)為靳王，劃靈巖山為賜山，親自為他書(shū)墓碑，撰寫(xiě)碑文，此碑至今尚巍然矗立，上鐫：“中興佐命定動(dòng)之碑”，為碑刻中的巨制珍品。靈巖山香山溪北側(cè)，有清朝詩(shī)人張永夫之墓。其墓碑與眾不同，曰：“再來(lái)人之墓”。張永夫名錫祚，生于康熙十一年（1672年）死于雍正二年（1724年），與盛錦、黃子云、沈盤(pán)同稱(chēng)“靈巖四詩(shī)人”。他一生困頓，但拒不受清官府所贈(zèng)財(cái)物，餓窮至死。相傳其死后十余年，又來(lái)尋生前舊友，出金百兩，還清舊日所欠乃去，這就是稀奇古怪的“再來(lái)人”之碑的來(lái)歷。

靈巖山南腳下有一條溪水，通向太湖，這就是著名的箭涇河，又名“采香涇”。相傳為滿足西施的需要，吳王射箭為線，開(kāi)出了這條河道，宮女可泛舟香山為西施采香草。這條筆直的水道沒(méi)有自然河流的迂回曲折，確像人工開(kāi)鑿。山腳下的石龜背上有足跡隱然，傳說(shuō)吳王射箭過(guò)猛所致。

靈巖山寺鎮(zhèn)寺之寶為唐寅書(shū)《落花詩(shī)》：寺內(nèi)有大小碑刻147塊，系宋、元、明、清時(shí)所刻，另珍藏元、明清各佛經(jīng)十部。

靈巖山寺著名祖師為印光法師，著名方太為妙真法師�，F(xiàn)任方丈明學(xué)法師，76歲，浙江湖州人，兼任中國(guó)佛教協(xié)會(huì)咨議委員副主席，江蘇省佛教協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)，蘇州市佛教協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)。