該保護(hù)區(qū)內(nèi)生活著許多瀕臨滅絕的高山珍貴動(dòng)物，有野牦牛、藏羚羊、藏野驢等大型有蹄類動(dòng)物，還有大量鳥類群集在各個(gè)高山湖泊中，數(shù)量不亞于青海湖。

　　這里的自然景觀也很優(yōu)美，有世界上海撥最高的積沙灘沙漠、高原內(nèi)陸不凍湖——阿其克湖、“高原桂林山水”新青峰、冰川密布的木孜塔格冰峰，此外還有千淚泉、陰陽湖、魔鬼谷等景點(diǎn)；在山中還發(fā)現(xiàn)了不少用藏文刻在石頭上的密宗咒語。

      本區(qū)地處東昆侖中段北坡大型凹陷盆地中，東鄰柴達(dá)木盆地，南倚昆侖山與藏北高原相接，北部受干旱貧瘠的阿爾山所屏蔽。區(qū)內(nèi)地形復(fù)雜多樣，構(gòu)成了保護(hù)區(qū)的奇特景觀。植物從其種類及分布上充分顯示著由中亞荒漠向青藏高原過渡的特征，高等植物種類達(dá)300余種。并分布有較大面積的高寒草原，加之人跡罕見，使這里成為許多高原野生動(dòng)物生息繁衍的樂園，區(qū)內(nèi)分布著各種各樣的珍禽異獸，高等動(dòng)物有63種，其中國家重點(diǎn)保護(hù)的動(dòng)物有野牦牛、藏野驢、藏羚、藏原羚、雪豹、黑頸鶴、藏雪雞等，且種群數(shù)量較大，密度較高，被譽(yù)為“天然動(dòng)物園”和“有蹄類動(dòng)物世界”。該保護(hù)區(qū)的建立，對保護(hù)典型高原生態(tài)系統(tǒng)和開展生物地理、地質(zhì)、氣象等學(xué)科的研究均有極為重要的意義。

      阿爾金山自然保護(hù)區(qū)是封閉性高山盆地，內(nèi)陸河水向盆地中心匯集，形成了十多個(gè)高原湖泊。

　　其中最大的是阿雅克庫大湖，面積為510平方公里。湖東南百里以外是高原最大的庫木庫勒沙漠，海拔4000多米，是世界上海拔最高的沙漠。

　　從巨大的沙山下，涌出清泉，呈現(xiàn)出沙湖相連，沙泉共存、沙漠與沼澤相間的奇觀勝景。沙山中的沙子泉，很像敦煌的月牙泉，泉水涌出形成沙子河。