袁世凱自1895年開始在天津與塘沽之間的小站練兵起家，漸為清廷所倚重。這股軍隊后來發(fā)展成為北洋六鎮(zhèn)(北洋新軍)，為清末陸軍主力，民國初年的北洋系軍閥亦多源自清末新軍。
　　1898年戊戌政變前，帝黨人物曾寄望于袁的新軍，譚嗣同即曾面勸袁世凱出兵圍攻慈禧太后所居之頤和園。袁卻將這一消息告訴忠于慈禧太后的榮祿，結果戊戌變法失敗，皇帝失去政權并遭軟禁。然而袁世凱當時的決定，對于戊戌維新的成敗，是否具有決定性的影響，至今仍有爭議。以往一般認為袁世凱將消息轉(zhuǎn)告榮祿是戊戌政變失敗的主因，但近年的研究發(fā)現(xiàn)，后黨發(fā)動政變，實起于袁告密之前。甚且，以袁世凱當時掌握的新軍戰(zhàn)力，亦不足以對抗聽命于榮祿駐扎在北京附近的眾多部隊。雖然，袁世凱告密并不是導致戊戌政變的根本原因，但是，戊戌變法卻是因為袁世凱的告密而導致了毀滅性的后果。政變起初，慈禧太后在上諭中只是斥責康有為“莠言亂政”，并未申斥譚嗣同等人，而“莠言亂政”的罪名并不嚴重，起初對康有為的處分也僅是停職待參，而譚嗣同勸袁世凱出兵圍園誅后則屬情節(jié)嚴重的謀逆大罪。當時袁世凱聽時任直隸按察使楊崇伊說康有為已被革職待參，懼怕譚嗣同勸其出兵圍攻慈禧太后一事暴露，牽連自己，遂向榮祿告密，西太后聞之大怒，下令逮捕康、梁諸人下獄，并誅殺六君子。由此可見，戊戌政變雖然不是因袁世凱告密而發(fā)生，但是正是袁世凱的告發(fā)，才使維新運動導致毀滅性后果。
　　1899年冬，因義和團在山東的排外行為引起各國不滿，清廷被迫撤換縱容拳民的山東巡撫毓賢，代之以袁世凱。這是袁世凱首次出任方面大員。袁到任后，一改毓賢的處理方針，對拳民大力鎮(zhèn)壓，令其在山東無法立足，逃往天津、北京一帶，慈禧太后以民氣可用縱容義和團。翌年爆發(fā)了八國聯(lián)軍戰(zhàn)禍，山東在袁世凱治下則維持穩(wěn)定，并且加入東南互保。
　　1895年12月，袁世凱由軍務處大臣榮祿、李鴻章等奏派擴練駐天津小站的定武軍，更名為“新建陸軍”。聘德國軍官十余人擔任教習，又從天津武備學堂中挑選百余名學生任各級軍官，并引用和培植一批私人親信，以加強對全軍的控制。這些人以后大都成為清末民初的軍政要人。如徐世昌、段祺瑞、馮國璋、王士珍、曹錕、張勛等。小站練兵是清末新式軍隊發(fā)展的轉(zhuǎn)折點，也奠定了袁世凱一生事業(yè)的基礎。從此，聲譽鵲起，扶搖直上。1897年，擢直隸（今河北）按察使，仍主持練兵。1898年6月，袁世凱升任工部右侍郎。12月，署理山東巡撫，率領全部新軍（時稱“武衛(wèi)右軍”）前往濟南。時山東境內(nèi)義和團運動爆發(fā)，他認定義和團為“左道邪教”，派兵到各州縣殘酷鎮(zhèn)壓。一躍而成為中外所矚目的實力人物。1901年11月，繼李鴻章署理直隸總督兼北洋大臣，次年實授，權勢更加顯赫。
　　《辛丑條約》簽訂后，清政府迫于內(nèi)外形勢，施行新政。袁世凱表示極力擁護，并借機擴大自己的權力。1902年，兼任政務處參預政務大臣和練兵大臣，在保定編練北洋常備軍（簡稱北洋軍）。次年，清政府在北京設立練兵處，慶親王奕劻為總理大臣，袁世凱任會辦大臣，掌握實權。創(chuàng)辦各種武備學堂，并聘請大批日本軍官擔任教習。至1905年北洋六鎮(zhèn)編練成軍，每鎮(zhèn)一萬二千五百余人，除第一鎮(zhèn)系滿族貴族鐵良統(tǒng)率的旗兵外，其余五鎮(zhèn)都在他的控制之下，重要將領幾乎都是小站練兵時期的親信軍官。同時，袁世凱還兼任督辦電政大臣、督辦鐵路大臣及會議商約大臣。在此期間，他在發(fā)展北洋工礦企業(yè)、修筑鐵路、創(chuàng)辦巡警、整頓地方政權及開辦新式學堂等方面，都頗有成效。通過辦理新政，他得以“內(nèi)結親貴，外樹黨援”，處心積慮擴張權勢，很快形成了一個以他為首的龐大的北洋軍事政治集團。
　　養(yǎng)精蓄銳 東山再起1901年李鴻章去世后，袁世凱接任直隸總督、北洋大臣，成為疆臣首領。1907年調(diào)任軍機大臣，成為中樞重臣。袁世凱大力襄贊新政，包括廢科舉、督辦新軍、建學校、辦工業(yè)等，第一支中國警察隊伍亦于天津成立。
　　1908年光緒皇帝及慈禧太后相繼去世，溥儀繼位，醇親王載灃攝政。載灃因為反對袁世凱的很多新政措施，更因為戊戌政變一事（他認為袁世凱出賣維新派，致使光緒被慈禧太后幽禁至死），對袁世凱非常痛恨，成為攝政王后立即解除袁所有差事；袁知其勢不吉，稱疾返回河南，最初隱居于輝縣，后轉(zhuǎn)至安陽。袁在此期間韜光養(yǎng)晦，暗地里仍關心政事，等待時機復出。
　　1911年10月10日武昌起義，1911年11月1日清廷宣布解散皇族內(nèi)閣，任命袁世凱為內(nèi)閣總理大臣。11月13日袁世凱抵達北京，16日組織新內(nèi)閣。其成員是：外務大臣梁敦彥，民政大臣趙秉鈞、度支大臣嚴修、學務大臣唐景崇、陸軍大臣王士珍、海軍大臣薩鎮(zhèn)冰、司法大臣沈家本、農(nóng)工商大臣張謇、郵傳部大臣楊士琦、理藩大臣達壽。并以胡惟德、烏珍、陳錦濤、楊度、田文烈、譚學衡、梁啟超、熙彥、梁如浩、榮勛分任各部副臣。
　　北洋集團勢力的擴張，對掌握中央政柄的滿族親貴集團的世襲地位構成嚴重威脅，雙方權力之爭日趨激化�；适矣H貴煽動一些御史上疏屢彈劾袁世凱權高勢重，任用私人，甚至預言將步曹操、劉裕后塵。1906年，袁被迫辭去各項兼差，并將北洋軍一、三、五、六各鎮(zhèn)交陸軍部直接管轄。次年，又被調(diào)離北洋，到北京任軍機大臣兼外務部尚書。1908年11月光緒帝和慈禧太后相繼病死，年幼的溥儀繼位，改元“宣統(tǒng)”，其父載灃為攝政王。1909年初，袁世凱被載灃罷去一切職務，令回籍“養(yǎng)疴”。但他的許多部屬依然位居要津，實權在握，袁世凱時刻準備東山再起。