1917年5月23日，黎元洪免去段祺瑞的國務總理兼陸軍總長職務。黎元洪就任總統(tǒng)并任命段祺瑞為國務總理以后，由于段祺瑞企圖把黎元洪作為傀儡，因而發(fā)生總統(tǒng)與總理爭權斗爭，習稱府(總統(tǒng)府)、院(國務院)之爭。這個斗爭在對德宣戰(zhàn)問題上公開爆發(fā)。當時，日本慫恿中國對德宣戰(zhàn)，以求進一步控制中國。段祺瑞親日，企圖借參戰(zhàn)得到日本的經濟、軍事援助，以加強實力。美國則要求中國暫勿對德宣戰(zhàn)。親美的直系軍閥和黎元洪反對參戰(zhàn)。1917年4月25日，段祺瑞在北京召開督軍團會議，向黎元洪和國會施加壓力，脅迫他們同意參戰(zhàn)。5月7日，國務院向國會提出對德宣戰(zhàn)案。8日，國會開會討論宣戰(zhàn)案。10日，在段祺瑞授意下，由流氓、乞丐、軍警包圍國會，毆辱議員，脅迫國會當天通過宣戰(zhàn)案，遭到拒絕。19日，段祺瑞策動各省督軍要求黎元洪解散國會。至此，府、院之間的對立不可調和。黎元洪免去段祺瑞職務，段祺瑞則通電各省，不承認免職令。皖系和追隨皖系的督軍紛紛宣布獨立。直系馮國璋采取觀望態(tài)度。黎元洪不得已，于6月1日召張勛來北京調解。張勛進京后，擁立清廢帝溥儀復辟。黎元洪避居日本使館，并電請馮國璋代理總統(tǒng)職務，任段祺瑞為國務總理。府、院之爭的結果，非北洋系的黎元洪下臺。