1519年9月20日，麥哲倫率領(lǐng)五條船和270名水手的船隊出發(fā)了。船隊在大西洋中航行了70天，11月29日到達巴西海岸。由于這里是葡萄牙的領(lǐng)地，所以麥哲倫告訴船員們一定要小心，不要被葡萄牙人發(fā)現(xiàn)，因為根據(jù)1494年雙方簽定的《托爾德西里亞斯條約》規(guī)定誰也不得進入和占領(lǐng)對方分的領(lǐng)土。第二年1月10日，船隊來到了一個無邊無際的大海灣。船員們以為到了美洲的盡頭，可以順利進入新的大洋，但是經(jīng)過實地調(diào)查，那只不過是一個河口，即現(xiàn)在烏拉圭的拉普拉塔河。
　　3月底，南美進入隆冬季節(jié)，于是麥哲倫率船隊駛?cè)胧ズ�安港準備過冬。由于天氣寒凍，糧食短缺，船員情緒十分頹喪。船員內(nèi)部發(fā)生叛亂，三個船長聯(lián)合反對麥哲倫，不服從麥哲倫的指揮，責令麥哲倫去談判。麥哲倫便派人假意去送一封同意談判的信，并趁機刺殺了叛亂的船長官員。
　　不久，麥哲倫在圣胡安港發(fā)現(xiàn)了大量的海鳥、魚類還有淡水，飲食問題終于得到解決。麥哲倫還發(fā)現(xiàn)附近還有當?shù)氐脑�住居民，這些人體格高大，身披獸皮；他們的鞋子也很特別，他們把濕潤的獸皮套在腳上，上至膝蓋。雨雪天 就在外面再套一雙大皮靴。麥哲倫把他們稱為“大腳人”，并以欺騙的方法逮捕了兩個“大腳人”，并戴上腳鐐手銬關(guān)在船艙里，作為獻給西班牙國王的禮物。
　　陽春8月，麥哲倫率領(lǐng)船隊繼續(xù)出發(fā)。