甘丹寺的最高主持人稱為甘丹赤巴，意為甘丹寺法臺。因為甘丹寺是格魯派的祖寺，所以甘丹赤巴也是整個格魯派的主持，地位僅次于達賴和班禪。甘丹寺山下不遠有莫寺，過去是西藏地方政府四大護法之一的拉莫神巫預(yù)言占卜之地，與甘丹寺有著密切的淵源關(guān)系。
　　甘丹寺為全國重點文物保護單位。由５０多座建筑組成，主要有大殿、扎倉、康村、米村及佛堂僧舍。寺院主要建筑為措欽大殿，陽巴堅神殿位于措欽大殿西側(cè)，殿內(nèi)后墻有巨石一塊，相傳是由印度陽巴堅地方飛來，因此殿名為陽巴堅。這里是甘丹寺的主要護法神殿。同陽巴堅緊緊相連的是司東康，是宗喀巴及歷代甘丹寺法臺的靈塔殿。１４１９年１０月２５日，宗喀在赤多康圓寂。１４２０年他的弟子瑪仁欽修建了這座靈塔殿，并用９００多兩白銀在殿內(nèi)修建銀塔一座，安置宗喀巴的肉身。后來十三世達賴將銀塔包了純金。以后，每任甘丹寺法臺去世后都要在這個殿內(nèi)修建銀塔，到解放前夕，這里陸續(xù)修建了９５座銀塔。

 
　　“赤多康”是甘丹寺最早修建的佛堂之一，也是宗喀巴和歷任法臺的臥室，１７２０年索朗多吉進行了擴建，到１８世紀(jì)七世達賴格桑嘉措時期加蓋了金頂。由于殿內(nèi)保存有宗喀巴和歷任法臺的衣物，所以又叫存衣殿。是宗喀巴大師當(dāng)年生活之地，也是他圓寂之處。
　　甘丹寺全寺分夏孜、絳孜兩個扎倉（經(jīng)學(xué)院）夏孜扎倉是宗喀巴弟子德布仁布切主持修建的，經(jīng)常用８８根大柱建成，面積近１０００平方米；絳孜扎倉是由索朗白桑主持修建的，經(jīng)堂用８４根大柱建成，面積９３０平方米。兩個扎倉分別可容１５００個喇嘛同時念經(jīng)。扎倉下高康村，甘丹寺共有２３個康村，每個康要都有一個小經(jīng)堂，大多為二層樓的建筑，面積都在４００平方米以上，一般可容２００名喇嘛同時念經(jīng)。有的康村下面再設(shè)米村，米村是寺廟最基層的管理機構(gòu)，甘丹寺共有２０個米村。此外，還有修建甘丹寺的主要施主達孜宗本在甘丹寺修建的高達９層的宮宇以及千計的�。〒�(jù)說宗喀巴３歲學(xué)文，７歲出家，取法名洛桑扎巴，系青海宗喀地方（西寧塔爾寺附近）人，成名之后，被眾尊稱為宗喀巴。他１６歲（１３７２年）啟程到西藏深究佛法，先后在許多寺院從名師學(xué)習(xí)顯密教法；２５歲獲得格西學(xué)位；２９歲開始講經(jīng)授徒；４０歲以后著書立說，逐漸形成了他的思想體系。

　　宗喀巴在１５世紀(jì)初葉所推行的“宗教改革運動”，除去了以前西藏佛教的一些積弊，而以淵源于阿底峽、創(chuàng)建于仲敦巴、盛行于博多娃的噶當(dāng)派（也稱教戒派）教義為宗旨，所以格魯派也叫新噶當(dāng)派。又因為這一教派的僧人都帶黃色僧帽，故又稱黃教。１４０９年初，宗喀在拉薩大昭寺前成功地創(chuàng)辦了墨浪欽摩大法會，標(biāo)志著看他在宗教教理方面已經(jīng)得到全藏僧谷大眾的崇奉；甘丹寺的修建，則標(biāo)起著格魯教派有了根本道場，黃教已經(jīng)在“宗教改革”的基礎(chǔ)上建立起來。后來黃教終于發(fā)展成為藏傳佛教最大的教派。）　　喇嘛僧舍和９個辯經(jīng)場所。

　　甘丹寺的壁畫和雕塑都很精美，保存的文物也不少。除了不面提到的乾隆的盔甲外，還有許多制作精美的絲織“唐卡”，其中很多是明代早期的江蘇刺繡，是宗喀巴的弟子釋迦也失去南京受封以后，從內(nèi)地帶回拉薩獻給甘丹寺的。
　　但在“文化大革命”時期，甘丹寺遭到了嚴(yán)重破壞，古老的建筑全部被拆毀，只留下殘垣斷壁，寺內(nèi)的大量文物也基本上被洗劫一空，連宗喀巴的靈塔也被砸毀，據(jù)說上面的一塊世界上排第三大的金剛鉆也不知去向，只有小部分貴重文物得以保存下來。所以很多其地區(qū)的欺詐老百姓很討厭甘丹寺一帶的人，說他們拆了甘丹寺，以后永遠也富不起來。
　　甘丹寺到近年才陸續(xù)重修，但規(guī)模還不能和原來相比。