但是，神圣羅馬帝國的統(tǒng)治完全是中世紀式的，皇帝沒有實權，實際權利掌握在300多個大小領主手中，（對此法國著名啟蒙思想哲學家伏爾泰曾有如下評價：“神圣羅馬帝國既非神圣，也非羅馬，更非帝國。”）所以它的統(tǒng)治是很分裂的。各地領主完全自治，擁有自己的軍隊，朝廷，甚至有收稅的權力。一位商人走200公里，竟然需要交13次稅！這種制度嚴重足礙了帝國的工商業(yè)發(fā)展。而且,教皇在此也有很大權力，著名的“什一稅”就是教皇的發(fā)明。由于神圣羅馬帝國借助教會來宣揚自己的神圣性，它對教會也負有義務，因此多少受到教會制約。雖然其中也有個別皇帝憑借自身能力遇魅力和迫使教會就范，但也是表面與暫時的。總而言之，這個帝國的國力是很差的。
　　另外在“30年戰(zhàn)爭”后，帝國被其他國家分成300多小國，淪為二流國家。