南北戰(zhàn)爭爆發(fā)后，相當多的黑奴自愿為自身自由而協(xié)助聯(lián)邦作戰(zhàn)，但對如何處理占領地黑奴觀點上仍有所沖突。林肯一開始收回某些將軍自行發(fā)布的解放黑奴命令，而此政策嚴厲執(zhí)行則造成逃亡黑奴必須回到他們南方主子那兒，但1862年3月13日邦聯(lián)政府禁止所有聯(lián)邦軍指揮官遣返逃亡黑奴，如此影響了《1850年逃亡奴隸法》的廢除。1862年4月11日，國會宣布聯(lián)邦政府將保障釋放黑奴的奴隸主，所有在華盛頓的黑奴于1862年4月16日獲得解放。1862年7月19日國會廢止聯(lián)邦領土上的奴隸制度，如此使美國最高法院于1857年《得福德·史考特訴桑福德案》（dred scott v. sandford）作出的決議失去效力：此決議曾導致國會一度無權監(jiān)督國土上的黑奴制度。
　　林肯曾宣稱他自己沒有憲法賦予的權力解放黑奴，此外，解放黑奴是種具有風險的政治行為，因為仍有部分畜奴州效忠于聯(lián)邦，且戰(zhàn)爭初始的目的集中在保護聯(lián)邦的完整而非解放黑奴�；�于如此，這份宣言當時只是份而由林肯自己理解為以三軍統(tǒng)帥的身份所發(fā)表的軍事命令，而非由國會公布具同等地位的法案或憲法增修條文。另外有些論點認為解放奴隸宣言本身乃違憲，且是種領袖擴權指揮軍隊行動，而非創(chuàng)造新法（可參考《楊斯頓鋼鐵公司總統(tǒng)權限案》youngstown sheet and tube co. v. sawyer, 343 u.s. 579 (1952) 其主張總統(tǒng)無權以三軍統(tǒng)帥的身份掌控煉鋼廠使其為韓戰(zhàn)效力）。解放奴隸宣言也把解放黑奴的同意權讓渡給聯(lián)邦軍隊（雖然軍隊本身實行種族隔離），這難得的機會使將近20萬多曾為奴隸的黑人受惠，也讓北方人獲得額外的人力資源而南方人卻直到戰(zhàn)敗前幾天還無法仿效。
　　林肯第一次與其內(nèi)閣討論宣言是在1862年7月，但考慮到此舉對政治的種種影響（包括對聯(lián)邦內(nèi)的畜奴州），他覺得在發(fā)布前需要場聯(lián)邦軍的勝仗。在安地潭之役，聯(lián)邦軍隊擊退邦聯(lián)對馬里蘭州的進犯后，他于1862年9月22日發(fā)布一份準備宣言，而最終的宣言則于隔年1月發(fā)布。
　　解放奴隸宣言自身受限于對奴隸制度的立即效用，僅能在聯(lián)邦納入控制下的邦聯(lián)領土上生效，邊界州（德拉瓦州、肯塔基州、馬里蘭州、密蘇里州和西維吉尼亞州）的奴隸制度因其仍效忠聯(lián)邦而絲毫不受影響。國務卿威廉·西華德（william seward）曾于評論中談到：“我們表達對奴隸制度的同情手法是解放那些我們管不著的奴隸以及奴役那些我們能解放的人們。”任何脫離聯(lián)邦的州只要在宣言生效前重新加入聯(lián)邦（或僅僅送他們的國會議員回華盛頓）便具有等同邊際州的地位，并至少在當下能保有奴隸制度（雖然馬里蘭州、密蘇里州和西維吉尼亞州早在1865年美國憲法第13號修正案批準解除全國奴隸制度的合法性以前，便透過內(nèi)部政治運作逐步廢除奴隸制度）。