1861年11月2日，慈禧在以奕䜣為首的貴族、官僚和帝國主義的支持下發(fā)動北京政變，從載垣、端華、肅順等8位贊襄政務(wù)王大臣手中奪取政權(quán)，以垂簾聽政的名義登上了統(tǒng)治者的寶座。但是，鞏固政權(quán)比奪取政權(quán)要困難得多。為了維持統(tǒng)治，她作出了一系列重大的決策。其中，最值得注意的是對政敵的處理和清理獄訟。
　　北京政變后，載垣、端華、肅順被革去爵職，拿交宗人府，會同大學(xué)士、九卿、翰、詹、科、道定擬罪名，照大逆律凌遲處死。慈禧將載垣、端華兩位親王改為賜令自盡。端華之弟肅順改為斬立決。其余5人，原擬革職，發(fā)往新疆效力贖罪。因為景壽是道光皇帝的女婿，奕䜣的姐夫，慈禧對他的處分改為革職，仍留公爵并額駙品級，免其發(fā)遣。除穆蔭照原擬革職，發(fā)往軍臺效力贖罪外，匡源、杜翰、焦佑瀛均改為革職，免其發(fā)遣。
　　查辦載垣、端華、肅順黨羽時，僅將尚書陳孚恩、侍郎劉琨、黃宗漢、成琦、太仆寺卿德克津泰、候補京堂富績6人革職。后來，從查抄肅順家產(chǎn)中發(fā)現(xiàn)陳孚恩親筆書信多封，并有曖昧不明之語。于是，查抄陳孚恩的家產(chǎn)，并照刑部所擬罪名，將陳孚恩發(fā)往新疆效力贖罪。但是，從查抄肅順家產(chǎn)中發(fā)現(xiàn)的賬目、書信，還涉及許多中央和地方官員。如果一一查辦，勢必株連甚眾。為了表示自己“寬厚和平”，使這些官員放下包袱，慈禧諭令議政王、軍機大臣，將此次查抄肅順家產(chǎn)內(nèi)賬目、書信，“即在軍機處公所公同監(jiān)視焚毀，毋庸呈覽。”總之，這一大的政變，處理得十分圓滿。原8位顧命贊襄政務(wù)王大臣，處死3人，處分5人；與其關(guān)系密切的處理了陳孚恩等6人，太監(jiān)5人，共計19人。這與肅順辦理的戊午科場案動輒處分牽連數(shù)百人，不可同日而語。政變從發(fā)動到處理完畢，也只有一個月時間。時間之短促，也是令人吃驚。以上事實說明，慈禧是寬厚的。但是，在另一方面，她又十分殘忍。她依靠曾國藩的湘軍，李鴻章的淮軍，先后鎮(zhèn)壓了太平天國、捻軍以及回民和苗民起義。1864年7月19日，湘軍攻破太平天國的首都天京（今南京）的時候，分段搜殺，三日之間，殺害太平軍將士十余萬人，“秦淮河尸首如麻”。
　　革新與守舊19世紀(jì)60至90年代，清王朝的一部分中央和地方官員主張學(xué)習(xí)西方近代的科學(xué)技術(shù)，訓(xùn)練新軍，購買槍炮、軍艦，發(fā)展中國的軍事工業(yè)和民用工業(yè)，以達到富國強兵的目的。他們的代表人物，在中央有奕?、文祥，在地方有曾國藩、李鴻章、左宗棠、張之洞。盡管他們的改革沒有觸及封建專制的政治制度和社會制度，但是，在頑固派看來，卻是“用夷變夏”，違背了祖宗成法和圣賢古訓(xùn)。所以，洋務(wù)運動一開始，就遭到頑固派的堅決反對。在洋務(wù)派與頑固派的斗爭中，慈禧熟悉政治手腕玩起了平衡策略，一方面，支持以奕?為首的洋務(wù)派，另一方面，又扶植頑固派以牽制洋務(wù)派。
　　1866年12月，奕䜣奏請在同文館內(nèi)添設(shè)分館，招收科舉出身的人員學(xué)習(xí)天文、數(shù)學(xué)。大學(xué)士倭仁親自出馬，上書慈禧，堅決反對。他認(rèn)為，讓科舉出身的人員向外國人學(xué)習(xí)天文、數(shù)學(xué)是斯文掃地。他聲稱，中國之大，不愁沒有人才，只要多方訪求，一定可以找到精通天文、數(shù)學(xué)的人，為什么一定向外國人學(xué)習(xí)呢！慈禧讓他保舉幾名精通天文、數(shù)學(xué)的人才，并由他負(fù)責(zé)選定地方辦一個天文數(shù)學(xué)館與同文館分館互相砥礪。他只好承認(rèn)實無可保之人。慈禧又讓他到主持洋務(wù)的總理事務(wù)衙門行走。倭仁一向痛恨洋務(wù)，現(xiàn)在要他去辦洋務(wù)，感到是對自己侮辱，再三推辭，慈禧卻不肯收回成命，弄得這位頑固派的代表人物十分難堪。他到上書房給同治帝講課，有所感觸，不禁流下了眼淚。倭仁最后以養(yǎng)病為理由，奏請開缺。經(jīng)慈禧批準(zhǔn)，免去他的一切職務(wù)。
　　中日甲午戰(zhàn)爭失敗后，帝國主義掀起了瓜分中國的熱潮，民族危機空前嚴(yán)重。在維新派的影響下，光緒銳意變法。變法和反變法的斗爭非常激烈。1898年6月11日，慈禧面告光緒：“前日御史楊深秀、學(xué)士徐致靖言國是未定，良是。今宜專講西學(xué)，明白宣示。”于是，光緒發(fā)布了由翁同龢起草的《定國是詔》，把講求西學(xué)，變法自強，作為清王朝的國策，使維新運動取得了合法地位。但是，這次變法，涉及了清王朝的政治體制，而慈禧改革底線是祖宗之法不能變。隨著變法的深入，慈禧和維新派的分歧越來越大。特別是康有為建議的仿先朝開懋勤殿一事，選舉英才，并邀請東西洋專門政治家共議制度，將一切應(yīng)革之事全盤籌算，然后施行，更是慈禧所不能接受。當(dāng)光緒向慈禧提出這一請求的時候，“太后不答，神色異常。”從慈禧的表情，光緒感到變法已出現(xiàn)危機。為了使變法能進行下去，康有為、譚嗣同等密謀策劃，爭取正在天津小站練兵的袁世凱以所部新建陸軍入京，圍頤和園，逼迫慈禧退出政治舞臺。由于頑固派勢力強大，袁世凱又是一個投機分子，根本不可能站在維新派一邊。這場自上而下的改革失敗了。譚嗣同等6人被殺害，康有為、梁啟超逃亡國外，一些參與或支持變法的官員，受到了降級、革職、流放的處分。一切新政全被廢除。
　　慈禧的一生，經(jīng)歷了從1840年至1900年帝國主義侵略中國的5次戰(zhàn)爭。第一次鴉片戰(zhàn)爭，她還是一個5歲的孩子。第二次鴉片戰(zhàn)爭，她已是咸豐皇帝的懿貴妃。以后的中法戰(zhàn)爭、中日甲午戰(zhàn)爭、八國聯(lián)軍入侵，她則是清王朝的最高決策者，從慈禧的主戰(zhàn)與求和，可以看出慈禧與帝國主義關(guān)系的變化。
　　1860年9月21日，清軍在八里橋之戰(zhàn)中遭到失敗，英法聯(lián)軍進逼北京，咸豐決定逃往熱河避暑山莊。當(dāng)咸豐即將出發(fā)的時候，懿貴妃極力諫阻，請求咸豐留在北京，繼續(xù)抵抗。為此，她觸怒了咸豐，差一點引來殺身之禍。奕?與英法聯(lián)軍簽訂《北京條約》，懿貴妃深以為恥，勸咸豐廢約再戰(zhàn)。因為咸豐病危，只好作罷。
　　中法戰(zhàn)爭爆發(fā)后，主戰(zhàn)派和主和派的斗爭非常激烈。慈禧將清軍的接連失利歸罪于奕?的“因循委靡”，免去他的一切職務(wù)，其他4位軍機大臣也全部罷免。但是，清政府內(nèi)部的和戰(zhàn)之爭并未停止。1884年8月23日，法國軍艦向福建水師發(fā)動突然襲擊，福建水師全軍覆沒。慈禧諭令對法宣戰(zhàn)，并將繼續(xù)堅持和議的張蔭桓等6位總理衙門大臣革職。1885年2月，法軍攻占諒山，慈禧轉(zhuǎn)向主和。鎮(zhèn)南關(guān)的失守，慈禧更喪失了對戰(zhàn)爭勝利的信心。授權(quán)中國海關(guān)駐倫敦辦事處的英國人金登干到巴黎與法國外交部秘密議和。1885年4月4日，授權(quán)金登干與法國政府簽訂《巴黎停戰(zhàn)協(xié)定》。6月9日，又授權(quán)李鴻章，在天津與法國駐華公使巴德諾簽訂《中法新約》。光緒二十年（1894年）十月初十，是慈禧的60歲生日，準(zhǔn)備在頤和園大規(guī)模的進行慶祝。除了在頤和園大興土木之外，還在從紫禁城西華門至頤和園東宮門蹕路所經(jīng)分設(shè)60段景點，建造各種形式的龍棚、經(jīng)壇、戲臺、牌樓和亭座。此時中日戰(zhàn)爭爆發(fā)了。中外輿論認(rèn)為，中國必勝。光緒主戰(zhàn)，慈禧亦主戰(zhàn)，“不準(zhǔn)有示弱語”。但是，當(dāng)有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻非常生氣，說，“今天誰讓我不高興，我就要他一輩子不高興。”后來，清軍在朝鮮戰(zhàn)場上接連失利，北洋水師在黃海之戰(zhàn)中又遭受嚴(yán)重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出面干涉，盡快結(jié)束戰(zhàn)爭。她支持李鴻章避戰(zhàn)求和的方針，以各種借口，打擊以光緒為首的主戰(zhàn)派。由于形勢日益緊張，她不得不改變原來的計劃，所有慶辰典禮，著仍在宮中舉行，其頤和園受賀事宜，即行停辦。在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧在紫禁城內(nèi)的寧壽宮度過了她的60歲生日。
　　1895年2月7日，威海衛(wèi)日艦及炮臺夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。1895年4月17日，李鴻章與日本代表伊藤博文簽訂了喪權(quán)辱國的《馬關(guān)條約》。義和團運動剛剛在山東興起，開展“滅洋仇教”的反帝斗爭的時候，慈禧是主剿的。她多次諭令地方督扶“實力剿捕，毋得養(yǎng)癰貽患。”由于義和團的迅猛發(fā)展并進入北京，各國駐華公使在照會清政府強烈要求鎮(zhèn)壓義和團之后，又不顧清政府的反對，堅持調(diào)兵進京，在使館官員的指揮下，肆意抓捕、驅(qū)趕、槍殺甚至炮擊義和團及中國居民。統(tǒng)治集團內(nèi)部，以載漪、剛毅、徐桐為代表的頑固派，主張招撫義和團，抗擊列強。而奕?、王文韶、劉坤一、張之洞、袁世凱等中央和地方官員，則主張痛剿義和團，避免列強的武裝侵略。因為“外國人欺我太甚”，慈禧早已耿耿于心，對頑固派的意見非常欣賞。同時，她看到一份所謂的“洋人照會”，要勒令她歸政，更是忍無可忍，決意宣戰(zhàn)。就在這一天，八國聯(lián)軍已經(jīng)攻占大沽口炮臺了。6月21日，慈禧以光緒名義發(fā)布對各國宣戰(zhàn)的詔書。但是，慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對。他們聯(lián)名電奏清廷，力主剿團乞和。并積極活動，與列強訂立條約，實行“東南互保”。慈禧的決心開始動搖。她一方面要求各省將軍督撫認(rèn)真布置戰(zhàn)守事宜，并繼續(xù)利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯(lián)軍。另一方面，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，并于北玉河橋樹立木牌，牌上大書“欽奉懿旨，保護使館”。又分別致國書于俄、英、日、德、美、法等國國家元首，請他們出面“排難解紛”、“挽回時局”。將兩廣總督李鴻章調(diào)任直隸總督兼北洋大臣，準(zhǔn)備與列強談判。
　　但是，八國聯(lián)軍并沒有停止進攻。8月14日，進入北京。次日凌晨，慈禧帶著光緒，在2000余名兵勇的護衛(wèi)下倉皇出逃。令奕䜣、李鴻章為全權(quán)大臣，與列強進行談判。把戰(zhàn)爭的責(zé)任推到義和團身上，對義和團“痛加剿除”。經(jīng)過幾個月的反復(fù)交涉，除了參加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、澳八國之外，又加上比利時、西班牙和荷蘭共同擬定了議和大綱12條。12月22日，李鴻章從美國使館抄得一份材料，立即電告軍機處，轉(zhuǎn)呈慈禧。慈禧看到?jīng)]有將她列為禍?zhǔn)祝�也沒有要她歸政光緒，如獲大赦。當(dāng)天就電復(fù)奕?、李鴻章，大綱12條，原則上照允。并發(fā)布上諭，要“量中華之物力，結(jié)與國之歡心。”為了盡快地達成和議，全部接受列強提出的條件。1901年9月7日，奕䜣、李鴻章代表清政府與11個帝國主義國家簽訂了空前屈辱的《辛丑條約》。慈禧完全屈服了，清政府成了洋人的朝廷。