捻軍覆滅后，清廷開(kāi)復(fù)李鴻章迭次降革處分，并賞加太子太保銜，授湖廣總督協(xié)辦大學(xué)士。 在湖廣總督任上，李鴻章一度奉命入川查辦四川總督吳棠被參案。他和吳棠是在皖辦團(tuán)練時(shí)期的“金石至交”，又深知慈禧對(duì)吳“圣眷頗隆”，因此曲意回護(hù)，以查無(wú)實(shí)據(jù)結(jié)案。會(huì)武昌后，于同治九年（1870年）初，奉旨督辦貴州軍務(wù)，鎮(zhèn)壓苗民起義。尚未成行，復(fù)以甘肅回民起義軍入陜，清廷因左宗棠遠(yuǎn)在平?jīng)霾患凹骖�，又改命援陜。但李鴻章�?shí)在不愿與左宗棠共事，故一再拖延，直至六月下旬才抵西安。七天后，因天津發(fā)生教案，列強(qiáng)軍艦麇集大沽口，奉密諭“酌帶各軍克日起程赴近畿一帶相機(jī)駐扎”。匆匆趕赴直隸。
　　后因成功調(diào)解天津教案，被任命為直隸總督，旋兼任北洋通商事務(wù)大臣。同治十一年（1872年），加授武英殿大學(xué)士。自此，李鴻章在直隸總督兼北洋大臣任上秉政達(dá)25年，參與了清政府有關(guān)內(nèi)政、外交、經(jīng)濟(jì)、軍事等一系列重大舉措，成為清廷倚作畿疆門(mén)戶(hù)、恃若長(zhǎng)城的股肱重臣。隨著李鴻章地位、權(quán)利的上升，他一手創(chuàng)建出的淮軍，陸續(xù)被清廷派防直隸、山東、江蘇、廣西、廣東、臺(tái)灣各地，成為充當(dāng)國(guó)防軍角色的常備軍；而以他為領(lǐng)袖，由淮軍將領(lǐng)、幕僚以及一批志同道合的官僚組成的淮系集團(tuán)，成為當(dāng)時(shí)實(shí)力最強(qiáng)的一個(gè)洋務(wù)派集團(tuán)，并在其帶領(lǐng)下，開(kāi)始了中國(guó)早期的洋務(wù)——自強(qiáng)——近代化運(yùn)動(dòng)。
　　在鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義的過(guò)程中，李鴻章不僅建立了一支用西式裝備武裝起來(lái)的軍隊(duì)，還創(chuàng)辦了一批近代軍事工業(yè)。同治二年（1863年），李鴻章雇用英國(guó)人馬格里會(huì)同直隸州知州劉佐禹，首先在松江創(chuàng)辦了一個(gè)洋炮局，此后，又命韓殿甲、丁日昌在上海創(chuàng)辦了兩個(gè)洋炮局，合稱(chēng)“上海炸彈三局”。同治三年（1864年），松江局遷到蘇州，改為蘇州機(jī)器局。
　　同治四年（1865年），李鴻章在署理兩江總督任上，鑒于原設(shè)三局設(shè)備不全，在曾國(guó)藩支持下，收購(gòu)了上海虹口美商旗記鐵廠，與韓殿甲、丁日昌的兩局合并，擴(kuò)建為江南制造局（今上海江南造船廠）。與此同時(shí)，蘇州機(jī)器局亦隨李鴻章遷往南京，擴(kuò)建為金陵機(jī)器局（今南京晨光機(jī)器廠）。同治九年（1870年），調(diào)任直隸總督，接管原由崇厚創(chuàng)辦的天津機(jī)器局，并擴(kuò)大生產(chǎn)規(guī)模。于是，中國(guó)近代早期的四大軍工企業(yè)中，李鴻章一人就創(chuàng)辦了三個(gè)（另一個(gè)是左宗棠、沈葆楨創(chuàng)辦的福州船政局），已如他自己所言“練兵以制器為先”。爾后，在引進(jìn)西方設(shè)備進(jìn)行近代化生產(chǎn)的實(shí)際操作中，他又進(jìn)一步得出：“中國(guó)欲自強(qiáng)，則莫如學(xué)習(xí)外國(guó)利器。欲學(xué)習(xí)外國(guó)利器，則莫如覓制器之器，師其法而不必盡用其人。欲覓制器之器與制器之人，則或?qū)ＴO(shè)一科取士，士終身懸以為富貴功名之鵠，則業(yè)可成，藝可精，而才亦可集”，反映出其認(rèn)識(shí)的深化。
　　19世紀(jì)70年代出任直隸總督后，責(zé)任愈巨，視野愈闊，綜觀世界各國(guó)的發(fā)展，李鴻章痛感中國(guó)之積弱不振，原因在于“患貧”，得出“富強(qiáng)相因”，“必先富而后能強(qiáng)”的認(rèn)識(shí)，將洋務(wù)運(yùn)動(dòng)的重點(diǎn)轉(zhuǎn)向“求富”。
　　同治十一年（1872年）底，他首創(chuàng)中國(guó)近代最大的民用企業(yè)——輪船招商局�，F(xiàn)任朱其昂為總辦，后以唐廷樞為總辦，徐潤(rùn)、朱其昂、盛宣懷為會(huì)辦。由此奠定了“官督商辦”政策的基調(diào)。其后，在整個(gè)七八十年代，李鴻章先后創(chuàng)辦了河北磁州煤鐵礦（1875年）、江西興國(guó)煤礦（1876年）、湖北廣濟(jì)煤礦（1876年）、開(kāi)平礦務(wù)局（1877年）、上海機(jī)器織布局（1878年）、山東嶧縣煤礦（1880年）、天津電報(bào)總局（1880年）、唐胥鐵路（1881年）、上海電報(bào)總局（1884年）、津沽鐵路（1887年）、漠河金礦（1887年）、熱河四道溝銅礦及三山鉛銀礦（1887年）、上海華盛紡織總廠（1894年）等一系列民用企業(yè)，涉及礦業(yè)、鐵路、紡織、電信等各行各業(yè)。在經(jīng)營(yíng)方針上，也逐漸由官督商辦轉(zhuǎn)向官商合辦，從客觀上促進(jìn)了近代資本主義在中國(guó)的發(fā)展。