1912年8月，經(jīng)宋教仁從中斡旋，同盟會(huì)與統(tǒng)一共和黨、國(guó)民共進(jìn)會(huì)、國(guó)民公黨合并，改組為國(guó)民黨。25日，孫中山在北京舉行的國(guó)民黨成立大會(huì)中被選為理事長(zhǎng)，但孫中山以“決不愿居政界，惟愿作自由國(guó)民。”，即委宋教仁為代理理事長(zhǎng)。1913年3月，宋教仁被暗殺，袁世凱嫌疑為原兇。孫中山力主南方各省起兵反袁，稱為二次革命。由于實(shí)力不足，二次革命旋即失敗。孫中山被通緝，不得不再次赴日本尋求援助。1914年，孫中山在日本建立中華革命黨，并兩次發(fā)表討袁宣言。中華革命黨要求黨員向?qū)O中山個(gè)人絕對(duì)效忠，要按手模宣誓；并且將國(guó)民按入黨時(shí)間分成等級(jí)，享有不同待遇。部份同時(shí)流亡日本的國(guó)民黨員對(duì)此反對(duì)，原同盟會(huì)中重要人物如黃興、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳等俱未有加入。1915年10月25日孫中山與宋慶齡在日本結(jié)婚。
　　袁世凱稱帝失敗后，孫中山重回中國(guó)。1917年，段祺瑞在張勛復(fù)辟后“再造共和”，廢止了1913年選出的國(guó)會(huì)。身在上海的孫中山展開護(hù)法運(yùn)動(dòng)（亦稱三次革命），號(hào)召國(guó)會(huì)議員一起到廣州，召開國(guó)會(huì)非常會(huì)議，組織護(hù)法政府并就職為大元帥，誓師北伐。但廣州護(hù)法政府逐漸由桂、滇系軍人控制，孫中山實(shí)力有限，甚至出現(xiàn)“政令不出士敏土廠（大元帥府）”的情況。孫中山曾嘗試發(fā)動(dòng)兵變而未果。1918年桂、滇各系控制國(guó)會(huì)改組護(hù)法政府，以七總裁取代大元帥，孫中山被架空，被迫去職。1919年10月，改中華革命黨為中國(guó)國(guó)民黨。1920年，陳炯明成功擊退盤踞廣州一帶的桂、滇系，請(qǐng)孫中山重回廣州。次年，廣州非常國(guó)會(huì)取消軍政府，選孫中山為大總統(tǒng)（習(xí)慣上稱為非常大總統(tǒng))，開始第二次護(hù)法運(yùn)動(dòng)。孫中山就職后力主軍事北伐，最終與主張暫緩軍事，聯(lián)省自治的陳炯明產(chǎn)生激烈沖突，于1922年6月爆發(fā)炮擊總統(tǒng)府事件，孫中山離粵退居上海。
　　1921年后，孫中山在宣講解釋三民主義時(shí)，幾度提及有人用世界主義反對(duì)其提倡民族主義。關(guān)于此事，后來(lái)的研究者從反對(duì)帝國(guó)主義的角度解釋演講的內(nèi)容，指出反對(duì)世界主義是孫中山在他后期活動(dòng)中為了宣傳民族主義而進(jìn)行的思想批判之一。（注：張磊：《論孫中山的民族主義》，《孫中山：愈挫愈奮的偉大先行者》，廣東人民出版社1996年版，第102頁(yè)。原載《北京大學(xué)學(xué)報(bào)》1957年第4期。）不過(guò)，孫中山當(dāng)時(shí)回應(yīng)的直接對(duì)象，并不是帝國(guó)主義，也不是泛指一般的世界主義。近年王爾敏先生的《中山先生民族主義正解》，照孫中山的演講指其說(shuō)是警戒國(guó)人不可醉心于新文化運(yùn)動(dòng)（注：王爾敏：《中山先生民族主義正解》，臺(tái)北，中山學(xué)術(shù)文化基金會(huì)1999年版，第186頁(yè)。關(guān)于孫中山回應(yīng)世界主義的所指，海內(nèi)外學(xué)人較少直接論及。